בית כנסת הגרעין ע"ש אלי כהן

בית הכנסת של הקהילה פועל בבית הכנסת ע"ש אלי כהן. 

ברחוב שי עגנון 2 בסמיכות לישיבה.

ייחודו של בית הכנסת שהינו מקיים תפילות של חברי הגרעין בוגרי הישיבה עם מתפללי בית הכנסת  ותפילות מסוימות באופן משולב עם בחורי הישיבה. בית הכנסת משלב תפילות ישיבתיות וזמני התפילות מותאמים לצרכי המשפחות.

תפילות חגיגיות מתקיימות לא רק במועדים וימים טובים אלא גם בחגי מדינת ישראל (יום העצמאות, יום ירושלים).

בבית הגרעין מתקיימות פעילויות הגרעין

בבית הגרעין נמצא חדר הספרייה והמשחקייה לילדים. בבית הגרעין מתקיימים גם שיעורי תורה לגברים ונשים כל ימות השבוע, סדנאות בזוגיות, שיעורי קבלה ועוד. 

התפילות בבית הכנסת הינם בנוסח משולב

התפילה הינה בנוסח עדות המזרח  מנגינות התפילה הינם משולבות מכל תפוצות ישראל: עדות מזרח, אשכנז, קרליבך, ועוד. כאשר הדגש הינו על תפילה ישיבתית המותאמת לבעלי משפחות.

האוירה בבית כנסת בכלל מאופיינת במאור פנים ובשמחה.
השמחה הינה ביטוי של התרוממות הרוח שישנה בלימוד
ועבודת השם.